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Les MNIE (Milieux naturels d'intérêt écologique) sont des milieux sources et refuges pour de nombreuses espèces. Ils jouent un rôle essentiel au sein de la trame verte et bleue. Depuis ces sites, la vie sauvage peut en effet coloniser le reste du territoire ou s’y replier si les conditions sont défavorables. Ils constituent donc un élément vital et indissociable de la trame naturelle du territoire.

Ces milieux sont représentés sur le Pays de Rennes par des boisements, des zones et des prairies humides, des mares et des étangs, des secteurs bocagers préservés, des fonds de vallées ou d’autres milieux plus rares localement comme des milieux calcaires notamment. 429 sites sont actuellement identifiés à partir de critères scientifiques.

L’inventaire des MNIE est né dans les années 1990 de la volonté des élus du District de Rennes de mieux connaître la richesse naturelle de leur territoire et d’assurer sa pérennité. Les élus du SCoT ont décidé d’élargir cet inventaire à l’ensemble du territoire du Pays de Rennes.

Cette démarche volontaire des élus pour améliorer la prise en compte de la biodiversité à l’échelle de leur territoire a permis d’enrichir de manière notable la connaissance de ces milieux.

Le SCoT a établi une protection stricte de ces milieux. Depuis son approbation en décembre 2007, ils sont devenus réglementairement inconstructibles. Un document unique « l’Atlas des MNIE du Pays de Rennes » localise l’ensemble des sites identifiés sur le territoire du Pays de Rennes. Le Syndicat mixte du SCoT est désormais la structure qui pilote le dossier des MNIE.